Естественными рубежами охраняемой территории являются правые притоки р. Енисей: на северо-востоке — река Базаиха, на юге и юго-западе — реки Мана и Большая Слизневка. С северо-востока территория граничит с г. Красноярском. Основан заповедник в 1925 году по инициативе жителей города для сохранения природных комплексов вокруг живописных сиенитовых останцев — «столбов». В настоящее время его площадь - 47 154 га. Представлен к Списку World Heritage Фонда всемирного наследия ЮНЕСКО; дожидается своей очереди.
Флора и фауна
Флора заповедника включает около 740 сосудистых растений и 260 видов мхов. Преобладает пихтовая тайга, типичная для среднегорья Восточных Саян.
На территории заповедника выявлено 290 видов позвоночных животных. Фауна имеет ярко выраженный таёжный облик (лесные полёвки, соболь, кабарга, рябчик и т. д.) с включением лесостепных видов (сибирская косуля, степной хорь, длиннохвостый суслик и др.)
Виды, занесённые в Красную книгу России:
Растения: калипсо луковичное, башмачки настоящий и крупноцветный, пальчатокоренник майский, гнездоцветка клобучкавая, ятрышник шлемоносный, ковыль перистый;
Птицы: скопа, беркут, балобан, сапсан и др.
Основной достопримечательностью заповедника являются скалы. Общее для всех скал название «Столбы», хотя свои названия имеют все скалы и даже некоторые камни. Различают непосредственно «Столбы» — открытые для туристов скалы, и «Дикие столбы» — скалы, расположенные в глубине заповедника, доступ к которым ограничен.
Посещаемые туристами места можно условно разделить на три района.
Фанпарк "Бобровый лог", канатно-кресельная дорога, начинающаяся в долине реки Базаихи, проходит вдоль горнолыжной трассы и заканчивается на вершине хребта, откуда открывается великолепная панорама на заповедник и многие скалы. В непосредственной близости расположен крупнейший в заповеднике скальный комплекс Такмак.
«Центральные Столбы» — район в 7 км от границы заповедника, куда можно добраться на общественном транспорте, занимающий площадь примерно 5х10 км. Здесь расположены уникальные в своем роде скалы: Дед, Перья, Львиные ворота, Столбы с I по IV и многие другие. Самые популярные ходы к вершине скалы имеют собственные названия «Голубые катушки», «Дымоход». Столбисты рассказывают, что перед революцией большевики написали на самом большом II Столбе слово «Свобода» (сейчас его периодически обновляют энтузиасты), и ввиду сложности хода к вершине блюстители закона так и не смогли стереть эту надпись.
«Китайская стенка» расположена в долине реки Базаихи, у подножия Такмака. Здесь в основном бывают столбисты. Кроме самой «Китайской стенки» в этом районе располагаются скала Ермак и группа мелких скал «Воробушки» — Цыпа, Жаба и др.
В части заповедника, непосредственно примыкающей к городу, в долине Базаихи расположено несколько горнолыжных трасс. Основными являются Бобровый лог и Каштак.
Столбы посещал в 1720—1727 годы Мессершмидт Даниил Готлиб. За время своего 7-летнего исследования Сибири он трижды останавливался в Красноярске.
1733—1734 Столбы посещает Витус Беринг.
В 1735 году Столбы посещают участники сухопутного отряда Второй Камчатской экспедиции, натуралисты, естествоиспытатели академик Иоганн Георг Гмелин и его помощник (будущий академик) Степан Петрович Крашенинников (Камчатский).
1771—1773 годы. Столбы посещает крупнейший исследователь Сибири профессор натуральной истории Петер Симон Паллас. Прожил в Красноярске около года, работая над монографиями «Путешествие по разным провинциям Российской империи», «Описание растений Российского государства» «Российско-Азиатская зоогеография».
В 30-е годы XIX века в Сибири началась золотая лихорадка. Золото добывают на Столбах. От деятельности старателей остаётся название «Роев ручей» — от слова «рыть».
1833 год. Опись добытой на Столбах пушнины: 67 соболей, 43 лисы и до тысячи шкурок прочих зверей.
В 70-80 годах XIX века преподаватель красноярской гимназии И. Т. Савенков начинает школьные экскурсии на Столбы. Савенков создаёт топографический очерк окрестностей Красноярска, который потом станет отправным трудом для всех начинающих геологов Сибири. В 1886 году издаёт работу о геологическом строении окрестностей Красноярска.
С конца 1940-х годов до начала XXI века издано 16 сборников научных трудов. Изучается влияние атмосферного загрязнения и рекреационного использования на таёжные экосистемы.
В 2000 году «Живой уголок» заповедника Столбы стал основой зоопарка Роев ручей.
