Заповедникохватывает центральную часть горного хребта Хамар-Дабан и его северного макросклона, расположенного вдоль южного побережья озера Байкал, на территории Джидинского, Селенгинского и Кабанского районов Республики Бурятия.
Заповедник изначально проектировался как комплексный экосистемный и стал вторым в «цепочке» ООПТ, охватывающих к настоящему моменту практически всё побережье Байкала. Создание заповедника послужило ответом экологов СССР на начало строительства печально известного Байкальского ЦБК. Одной из важнейших задач заповедника является охрана ненарушенных кедровых лесов. В настоящее время заповедник служит эталонной территорией для оценки воздействия аэропромвыбросов промышленности Южной Сибири на лесные экосистемы.
Площадь — 165 724 га с учетом изменений, внесенных распоряжением СМ РСФСР от 20 июня 1973 года № 366-р.
Количество кластеров — 1.
Заповедник окружает полоса охранной зоны шириной от 0,5 до 4 км общей площадью 34 788 га (образована Постановлением Совета Министров Бурятской АССР от 3 декабря 1976 г. № 435). В 1985 году под юрисдикцию заповедника был передана территория федерального заказника «Кабанский» (12 100 га) в дельте р. Селенги.
С 1975 года заказник «Кабанский» отнесён к водно-болотным угодьям международного значения (дельта Селенги, Рамсарская конвенция). В 1986 году заповедник был включен в международную сеть биосферных резерватов. С 1996 года территория заповедника и заказника входит в состав участка Всемирного природного наследия «Озеро Байкал».
При заповеднике имеется Музей Природы. По южной границе заповедника (водораздел хребта Хамар-Дабан) проходит ряд категорийных туристских маршрутов.
В заповеднике произрастает 787 видов растений, в заповеднике лесами занято около 70 % территории. Общий список редких, эндемичных и реликтовых растений заповедника составляет около 40 видов, млекопитающих насчитывается 49 видов, 251 вид составляют птицы, земноводных и пресмыкающихся — 6, рыб — 12.
