Территория парка разбита на три лесничества:
Водлозерское с центром в д.Куганаволок т. (814-52) 2-01-16,
Илекское — в г. Онега т. (818-39) 2-15-06
Пудожское — в пос. Валдай т. 3-26-72.
Административный центр парка находится в д. Куганаволок. В г. Петрозаводск находится Экологический центр парка, в составе которого действуют отделы туризма и научный отдел.
Водлозерье — древнейший культурный район Русского Севера. Край был заселён человеком примерно 8-9 тысяч лет назад. На его территории находится множество археологических памятников, в том числе времён мезолита и неолита.
На смену саамским и финским племенам в IX веке пришли славянские племена — край вошёл в состав Обонежской пятины Великого Новгорода. После падения Великого Новгорода в XV веке край оказался «медвежьим углом». Тем не менее, в XVII—XVIII вв. он оказался в центре раскола Русской Православной церкви. Здесь, в Кожозерском монастыре долгое время обитал будущий патриарх Никон — одно из главных действующих лиц этих событий. Сохранилось 13 старинных часовен. Были и деревни, принадлежавшие новгородской боярыне Марфе Борецкой (известной как «Марфа-посадница»).
В начале XX века в Водлозерье насчитывалось 40 деревень с населением 2628 человек. В настоящее время (2005) на территории Водлозерского парка находится пять поселений, где живёт 547 человек.
