Положение заповедника в пределах умеренного пояса, большая удаленность от океанов и горный рельеф обуславливают главную особенность климата — резкую континентальность и высотную поясность климатических условий. Абсолютный температурный минимум достигает — 60 °C. Зима наступает в первых числах октября. Средняя продолжительность ее 7 месяцев. В целом за год продолжительность теплого периода (t° выше 0 °C) составляет около 145 дней.
Под лесом находится около 12 % площади заповедника. В заповеднике выявлено более 220 видов птиц, рыбы — 23, земноводные — 3, пресмыкающиеся — 1, млекопитающие — 35. Снежный баран представлен изолированной популяцией. Из парнокопытных в заповеднике обычны северный олень, кабарга, лось. Одним из самых обычных зверьков заповедника является бурундук.
